ตามที่กรมชลประทานได้มีการกำหนดกรอบการบริหารงานตามแผนการปฏิรูประบบบริหารราชการไทย ซึ่งต่อมาได้มีพระราชกฤษฎีกาโอนกิจการบริหารและอำนาจหน้าที่ของส่วนราชการให้เป็นไปตามพระราชบัญญัติปรับปรุงกระทรวง ทบวง กรม พ.ศ.2545 และกฎกระทรววงแบ่งส่วนราชการกรมชลประทาน กระทรวงเกษตรและสหกรณ์ พ.ศ.2545 ได้แบ่งส่วนราชการออกเป็น 25 กอง 6 สำนักแล้วนั้น  จากการดำเนินการดังกล่าวจึงมีการปรับปรุงการบริหารภายในกรมชลประทาน โดยการพิจารณาจากหน้าที่และความรับผิดชอบ จึงปรับปรุงส่วนแผนงานและงบประมาณ สำนักแผนงานและโครงการ ขึ้นเป็น กองแผนงาน 

หน้าที่และความรับผิดชอบ

> ศึกษาวิเคราะห์เพื่อกำหนดนโยบาย ทิศทาง เป้าหมาย จัดทำแผนกลยุทธ์ของกรมฯ

> จัดทำแผนปฏิบัติการงานพัฒนาแหล่งน้ำและจัดการน้ำให้สอดคล้องกับแผนกลยุทธ์ของกรมฯ

> กำหนดวิสัยทัศน์ พันธกิจ ยุทธศาสตร์และเป้าหมายการดำเนินการ

> ควบคุมและรับผิดชอบการบริหารงบประมาณประจำปี

> วางแผนควบคุมและรับผิดชอบในการติดตาม ตรวจสอบ ประเมินผล เพื่อวัดผลสำเร็จของงาน/โครงการและผลลัพท์ ตามเป้าหมายที่ตั้งไว้

เกี่ยวกับกองแผนงาน

กองแผนงานและงบประมาณ  มีโครงสร้างการดำเนินงานในปัจจุบัน ดังนี้

> ฝ่ายบริหารทั่วไป

> กลุ่มงานวิเคราะห์นโยบาย

> กลุ่มงานแผนงานและโครงการพิเศษ

> กลุ่มงานวิเคราะห์งบประมาณ

> กลุ่มงานตรวจสอบและติดตามผล